Cao Bằng có khoảng 150.000 ha đất có khả năng phát triển nông nghiệp, diện tích cây trồng chính gần 90.000 ha, chủ yếu là cây lương thực; nhiều vùng sinh thái và gắn liền với các cây trồng, vật nuôi đặc hữu riêng có mà các địa phương khác không có hoặc chất lượng khác hẳn các vùng khác. Với trên 30.000 ha đất đang canh tác ở độ cao 700 - 1.200 m so với mực nước biển, như: Nguyên Bình, Bảo Lạc, Bảo Lâm..., vùng sinh thái quý giá này có giống cây ăn quả nổi tiếng: lê, mận, cây dong riềng, lúa nếp hương Xuân Trường; giống lợn đen, gà đen, thịt bò đồng bào Mông...
Vùng sinh thái núi đá rải rác ở các huyện Nguyên Bình, Thông Nông, Hà Quảng, Trà Lĩnh, Quảng Uyên, Trùng Khánh, Hạ Lang, Thạch An có trên 50.000 ha đất phát triển trên đá vôi, với độ cao 400 - 600 m so với mực nước biển nhưng do nằm trong thung lũng núi đá nên hình thành tiểu khí hậu đặc thù. Khí hậu khu vực này không ưu thế như đai cao á nhiệt đới nhưng với thời gian chiếu sáng vừa phải trong ngày, chiều tối nhiệt độ xuống thấp do ảnh hưởng của những dãy núi đá cao tạo ra chênh lệch nhiệt độ giữa ngày và đêm rất lớn. Kết quả đó tạo ra một tiểu khí hậu đặc thù rất phù hợp phát triển cây trồng cho chất lượng hơn hẳn các vùng khác, như: cam Trưng Vương, quýt Hà Trì, hồi (Thạch An, Trà Lĩnh), thuốc lá, đỗ tương, thạch đen, bí xanh vùng Hòa An, Hà Quảng, Thông Nông, Trà Lĩnh, Trùng Khánh, Quảng Uyên, Hạ Lang, Thạch An...
Vùng đồng có những cánh đồng trên nền phù sa cổ, đất đai bằng phẳng, màu mỡ là vùng trồng lúa lớn nhất của tỉnh, đây cũng là vùng rau cho Thành phố và trung tâm các huyện. Vùng này thuận lợi cho phát triển cây lúa, những loại cây có múi, nhãn, táo...
Cùng với đới khí hậu và thổ nhưỡng ưu đãi, Cao Bằng có đa dạng các loài hệ thực vật và hệ động vật. Chỉ riêng về giống vật nuôi, cây trồng lâu năm, toàn tỉnh có 24 nguồn gien cây trồng đặc sản, gồm 10 nguồn gen cây lương thực, thực phẩm: lúa nếp hương Xuân Trường, lúa nếp Pì Pất, bí thơm Thạch An, đỗ tương, đậu nho nhe...; 9 nguồn gien cây ăn quả: mận máu Bảo Lạc, quýt Trà Lĩnh, cam Trưng Vương, lê Đông Khê, bưởi Phục Hòa, hạt dẻ Trùng Khánh…; 2 nguồn gien cây lâm nghiệp là trúc sào, mác rạc; 3 nguồn gien cây trồng lâu năm: quả mác mật, chè đắng và chè Phja Đén; 10 giống động vật nuôi bản địa, chất lượng tốt: giống bò và gà xương đen của đồng bào Mông, lợn đen Táp Ná (Thông Nông, Hà Quảng, Bảo Lạc), ngựa Nước Hai, chó lùn Bảo Lạc... Đây là lợi thế lớn nhất của Cao Bằng mà các tỉnh khác không có được.
Bên cạnh đó, sản xuất NNSĐH Cao Bằng rất thuận lợi bởi đa số diện tích đất canh tác chưa bị ô nhiễm các chất thải từ nhà máy sản xuất công nghiệp (vì nhà máy công nghiệp chưa phát triển); ít bị tác động bởi các chất hóa học độc hại do con người tạo ra trong quá trình canh tác; đất canh tác chưa bị sức ép của luân canh tăng vụ; sâu bệnh ít do nhiệt độ thấp nhất là mùa đông có thể xuống dưới 0oC nên hạn chế sâu bệnh qua đông. Tất cả những yếu tố đó đã tạo thuận lợi cho sản xuất nông nghiệp sạch với những loại nông sản đặc thù, chất lượng cao đáp ứng xu hướng người tiêu dùng trên thị trường.
Yếu tố cơ bản quyết định đến thực phẩm an toàn, sản phẩm NNSĐH chính là hóa chất. Việc sử dụng các chất hóa học, thuốc bảo vệ thực vật, chất kích thích tăng trưởng trong chăm sóc cây trồng, vật nuôi không khoa học, hoặc quá lạm dụng sẽ gây ngộ độc cho sản phẩm nông nghiệp và đất trồng canh tác. Việc bố trí cây trồng, vật nuôi phù hợp cho từng vùng sinh thái là yếu tố quan trọng nhất để cây, con đặc hữu được sinh trưởng tốt nhất, phát huy hết ưu thế của gien và hạn chế sử dụng các chất hóa học trong canh tác để cho ra sản phẩm nông nghiệp chất lượng cao khác hẳn các vùng khác.
Sản xuất NNSĐH cần quan tâm đến yếu tố nhu cầu thị trường là yếu tố quyết định đến việc chọn cây trồng, vật nuôi bản địa nào tham gia vào quá trình sản xuất để tạo ra sản phẩm chất lượng cao nhất. Ứng dụng công nghệ cao vào sản xuất nông nghiệp là yếu tố rất quan trọng để cho ra sản phẩm an toàn, chất lượng cao, gồm: công nghiệp hóa nông nghiệp (cơ giới hóa các khâu của quá trình sản xuất, thu hoạch, sơ chế, chế biến...), tự động hóa, công nghệ thông tin, công nghệ vật liệu mới, công nghệ sinh học; các giống cây trồng, vật nuôi năng suất, chất lượng cao...; các quy trình canh tác tiên tiến, canh tác hữu cơ... cho hiệu quả kinh tế cao trên một đơn vị sản xuất, thỏa mãn nhu cầu ngày càng cao của xã hội và đảm bảo sự phát triển nông nghiệp bền vững. Việc ứng dụng tiến bộ khoa học về giống cây trồng vào các vùng sinh thái đặc thù của tỉnh để bổ sung, thay thế những giống cây trồng bản địa năng suất thấp đảm bảo hiệu quả cao trong sản xuất và cho ra thị trường những sản phẩm chất lượng cao. Ứng dụng công nghệ trong sản xuất chè Tiên chất lượng cao tại Công ty TNHH Kolia (Nguyên Bình) là một minh chứng. Công ty đã chọn cây trồng phù hợp với vùng sinh thái và ứng dụng công nghệ để tạo ra sản phẩm hữu cơ chất lượng cao thuận theo tự nhiên.
Với những yếu tố thuận lợi về điều kiện tự nhiên, có giống cây trồng, vật nuôi riêng có, Cao Bằng có lợi thế sản xuất NNSĐH. Đây là cơ hội, hướng đi mới rất quan trọng cho phát triển kinh tế nông nghiệp của tỉnh bắt nhịp với cả nước. Sản xuất NNSĐH không chỉ mở ra hướng phát triển kinh tế nông nghiệp mà còn đem lại nhiều lợi ích khác, như: Tạo bước chuyển biến cho nông dân thay đổi tư duy sản xuất, vươn lên thoát nghèo, làm giàu chính đáng; gắn với phát triển du lịch; góp phần tích cực xây dựng môi trường sạch, nâng cao chất lượng cuộc sống con người.